本系列的前两篇：
三周目的剧情和前两周目是不一样的。整个游戏一共有17章，其中前两个周目都在讲第1-10章，第三周目才讲11-17章。如果说在前两部，游戏还对玩家藏着掖着不让他们知道真相的话，那么第三周目就是将所有事实和盘托出，娓娓道来。
一切一切的悲痛都于这一周目爆发，无数人在网上告诫完成前两周目的人们“停下来吧，想要Good Ending就别往下玩了”，但毕竟痛苦也是人生的一部分，即使很难受，也要勇敢面对。
曾经，满目苍夷的环境里有着一个与悲凉氛围完全不同的游乐园，静静地展示着人类世界曾经的绮丽与繁华。然而现在，那里成为了人间最后的欢乐的坟墓。游乐园的机械生命体都变了，变成了一副狰狞的样子，攻击方式是呕吐。那个表情我看得非常难受。在那之前，它们是多么的热情好客，它们有着它们的乐趣，还邀请我们尽兴游玩。但现在除了那个过山车，没有任何能让我感觉到丝毫熟悉的地方。
和它们不同的是，那个在侧门走廊里面壁的“休息的机械人”还是正常的样子。它对同伴变得“奇怪”也感到非常害怕，躲着不敢出去。这个问题我没有在剧情中找到原因，有可能是在数据报告里，可惜那些数据随着我的存档一起驾鹤西去了（手动@横尾太郎）。
三周目，千呼万唤的A2小姐姐终于出来了。在前两个周目她的身份一直是个谜，玩家对她的唯一印象就是“突然扎死森林国王的叛徒”，但是从这周目的剧情走向就能看出A2的付出，以及她对于2B和9S命运轮回的无奈。 
A2是认识安妮莫宁的，而且从支线“安妮莫宁的过去”来看，她们是战友。A2是最旧一代YoRHa降落作战仅存的机体，她的战友和安妮莫宁的领导（叫啥来着我忘了，别打我）都在战斗中死去，只剩下她们两个人。A2是作为试验机的弃子，并没有加入网络，没有YoRHa部队死亡后可以从Bunker资料复活的能力，我们能清楚地看到A2身上破损不堪的衣服和皮肤上的伤痕。但她给自己背负了“消灭所有机械生命体”的重担，来实现为战友报仇的愿望。可以说，她的一生都在为了别人付出。
9S入侵了内部资料库，了解了司令都不知道的Bunker的真相，YoRHa从诞生开始就注定要毁灭自己。2B、9S、A2及所有的YoRHa队员，都是在为了一个毫无意义的目标，做着毫无意义的努力，最后毫无意义地抹杀自我，剩下的只有人类还在月球上的谎言。
当地表的传送器后门向机械生命体敞开时，YoRHa计划就接近尾声了，Bunker的陨落使所有YoRHa机体失去了网络和机体支持，只剩下了一条命。司令竟然意料之外地让9S自己决定自己的命运，可能在见过太多次面前之人的死亡后，她也不愿意让这种悲惨循坏再次发生了。
通过泄露的资料可以知道，YoRHa部队的黑盒子使用的也是机械生命体核心，这说明YoRHa和他们一直想打败的机械生命体其实是同一种生物。这对一直坚信自己的核心是AI的人造人是毁灭的打击。意识到自己身体内“流淌着敌人的血液（尽管人造人没有血液一说）”对于一个战士是多么的悲哀。是而人类选择这种材料制作黑盒子的理由是出于“伦理考虑”，其目的不言而喻。
2B被逻辑病毒感染，从水下都市一步一步挪到商业设施的那一段路，是本作最让人揪心的地方。临死前，还要考虑到别人的安全，跑到空旷地带结束自己的生命。在商业设施门前，身为YoRHa处决的E型机体，曾经面不改色地处决8B、22B、64B的2B，最后请求A2这个一心想保护战友的人杀死自己，显得多么讽刺和悲惨。别忘了，这出悲剧，就是YoRHa计划必经的一部分。 A2从她手中接过了白之契约，同时接过的还有2B的记忆、期望和情感——“从这一刻，你的灵魂由我继承”。她削去了长发，甚至继承了2B的容貌。
在水下都市断桥边的岸上，停着损坏的YoRHa飞行器，上面留有2B的遗言：
“我是YoRHa部队的2B，听到这段话的人，如果你认识YoRHa部队的9S，请帮我转告他，和他一起经历的时光，是我最珍贵的宝物”。
这句话和支线“埃米尔的回忆”的最后，埃米尔所说“（和凯尼）旅行的回忆是最珍贵的宝物”这句话不谋而合。同样，在这段遗言里，她才真正放下了自己的心里防线，真正地称9S为“Nines”。在那之后，9S在支线“情报收集”中面对同样为S型机体的人造人问他是否可以称他为Nines的时候沉痛地说“随便了，曾经那样叫我的人，已经不存在了……”
2B牺牲之后，9S听说人类用花来纪念死去的伙伴，在商业设施地下的月之泪中插了一座墓碑。“2B，晚安，我很快就会来陪你。” 从此，我将月之泪头饰永久戴在了9S头上。 
两人在商场前的“约定”，还是没有完成。曾经乐观地以为“恢复和平，我们就能变回普通人”，而事实上，炮灰终究是炮灰。
战争结束了，士兵也就不必存在了。
9S开始了疯狂的杀戮。也就是从这个时候他的黑化开始了。他入侵了所有的资源回收装置，捅死了里面的核心，切断了机械生命体再生的途径。三个资源回收装置分别命名为“精神”“肉体”“灵魂”，这三个就是人类的组成部分。很显然，机械生命体已经逐渐形成了这三种结构，即使现在还不完美，但从游戏中已经表现出来的情况来看，它们正在向着早期人类发展。
取得了进入：“塔”的权限的9S，依靠迪瓦拉波波拉姐妹的舍命相助才黑入了“塔”。 在这里不得不提一下迪瓦拉波波拉两姐妹。 两姐妹被生产出来监视地上的人类复制体的稳定性，但是地上的复制体有了自我意识，认为自己不是复制体而是真正的人类，于是于灵魂体人类起了冲突，最后导致灵魂体尼尔被杀死，人类灭亡。所以她们被认为是导致这一切的罪魁祸首，被认为“犯了严重的错误”被肃清，只留下一对用于观察，这一对还仍然坚信这锅是自己的。
在舍命帮助9S入侵“塔”的时候，她们说道：“这是我们赎罪的机会”。当A2到达“塔”的时候，两人已经奄奄一息。 9S的思维已经彻底混乱了。机械生命体的实际控制者N2复制了许多个2B拦住他的去路。9S不得不将她们全部杀死。这种家人之间互相杀戮的悲痛感终于湮灭了他心中的最后一部分理智：他为了让自己能坚持走下去，拔下了2B复制体的手臂来填补自己被砍掉的手臂，也正是这个举动使得他也被逻辑病毒所感染。
在“塔”的顶端，9S和A2终于相遇，A2说出2B其实是处决型2E的时候，屏幕前的玩家将一切都串联起来了。一周目开头，两人“初次”相遇，9S吟诵“For the glory of mankind”的时候，2B握紧拳头，其实是对她无数次杀死9S，却又不得不再一次这么做的厌恶和愧疚；人们终于明白在一周目结束时2B掐死9S的那句“为什么又是这样”中“又”这个字的含义。
对于2B来说，杀死9S是个无止境的循环，以至于她故意和9S保持距离以让自己麻木一些，但是9S被掳走以及被Goliath打飞之后的她表现却完全出卖了她。她自始至终都对9S有着感情，这种感情很难说是不是爱情，但胜似爱情。
9S当然知道自己一次又一次被自己面前的人杀死的事实。即使这样他也在每一次生命中的每一天都对自己和2B的未来充满了希望。在游戏里，9S总是对2B有着喷薄而出的好感，那段在商业设施前的约定更是两人好感加深的契机。可以肯定的是，从这时候开始，2B不想再杀死9S了，即使要违抗命令。
但是这个时候，9S的心里只有为了2B复仇，那个仇人就是面前的A2。 CD两个结局依据了最终一战中玩家的选择。
选择A2，比较好打。因为A2是战斗型集体，比武力当然比较强，几下就能把9S打趴下，进入C结局。C结局中，A2命令Pod 042黑入9S，自己牺牲自己的生命修复了9S的脑回路，清除了逻辑病毒，让9S活了下来。同时，“塔”崩塌了，原本发射到月球的用于毁灭人类数据的炸弹并没有发射。这也许是两个结局中比较Good的那个，至少9S活下来了。游戏结束。
选择9S，比较难打，A2的超长闪避带撞人使她很难被打到，9S可以选择黑进A2破坏，从这一方面来说还是挺简单的。进入D结局，出现9S的回忆，从他作为新兵加入YoRHa部队时他就将为人类尽职尽责作为自己的信条，可见人类灭亡这个事实对他的打击有多大。另一方面他失去了2B，这使得他的人生完全失去了意义，就像失去亚当的夏娃一样。“塔”中的机械生命体产生了内讧，于是N2决定将炮弹改为方舟，送一票机械生命体——包括亚当和夏娃——送到月球去适应新的生活。这和人类探索地外适合居住的地区的各种探索何其相似。亚当问9S要不要一起去。
我跟你走 “我们YoRha没有权利留在这个世界”
或者
我要留下 “我们 YoRha…我们不配被这个世界所爱”
无论选择离开还是留下，自己都不被这个世界所接受，9S和A2双双穿腹而死，9S望着发射出去的方舟，喃喃道； “啊……2B，你原来在哪里呀。” 紧接着是真正的E结局，在经历过变态的弹幕大战后，经历过无数玩家的鼓励、看到无数玩家销毁存档来为自己挡枪后，到达了E结局的剧情。
两个Pod有了自我意识，他们不再只是履行自己“随从”的职责。而是选择用尽自己的能力来帮助他们恢复数据，最后他们成功了。两个Pod带着他们三个的身体和残肢，进行起了恢复工作，剧情到此为止。
“提问，Pod 042。这次数据抢救是否恢复了他们所有过去的记忆？”
“是的”
“并且回复的部分是与过去的设计完全一致的？”
“是的”
“那么，这会不会再次引导我们走向与之前相同的结局？”
“我无法否定这种可能性”
“尽管如此，也存在着不同未来的可能性”
“因为未来不是赠与而是要争取的东西。”
YoRHa计划真正结束了，这三人幸存了下来，接下来的故事，就留给各位玩家想象了。